COVID-19疫情初期，指揮中心不斷強調，一般民眾只有看病、陪病、探病者需要戴口罩。2月7日衛福部網站便發布訊息，在捷運、公車等大眾運輸工具不必戴口罩，台灣目前沒有社區感染情形，只要遵守口罩使用三時機：看病、陪病、探病的時候要戴，有呼吸道症狀者應戴口罩，有慢性病者外出建議戴口罩，就能有很好的保護網。搭乘通氣量足夠的大眾運輸（如公車、捷運、高鐵），不用擔心不戴口罩會被感染。

不過到了4月4日，指揮中心宣布搭乘大眾運輸工具應全面戴口罩，未戴者不聽勸最高可罰1萬5,000元。

指揮中心對此解釋，台灣已經有零星社區感染個案，出現不明感染源本土案例，更重要的是歐美疫情延燒，境外移入個案增加，需保持社交距離（人與人室內1.5公尺、室外1公尺）防堵疫情，因此才會一改先前呼籲。

指揮中心3月20日宣佈，自3月21日零時起，將全世界旅遊疫情全面升至第三級警告，所有來台者都要居家檢疫14天，當天（3月20日）台灣確診個案為135例，之後短短22天，台灣確診案例遽增250例，尚有4個找不到感染源的本土案例未結案，包括案268（50歲個人工作室老闆）、案322（台師大男學生）、案336（社區女保全）、案379（酒店女公關），因已有不明原因社區感染，而讓口罩防疫升級。

前疾管局局長、國衛院名譽研究員蘇益仁認為，戴口罩可降低社區感染以及無症狀傳播。以前台灣大多只有境外感染，沒有社區感染，但隨著本土案例陸續出現，開始要防範社區感染。且以前還不知道有那麼多無症狀感染者，現在漸漸知道了，更要加強宣導戴口罩，不僅可以降低無症狀感染者飛沫傳播，健康的人戴口罩也較能降低被飛沫感染的可能，飛沫仍是目前COVID-19最重要的傳播途徑。

隨著疫情提升，3月5日起，台灣的口罩分配量從每7天領2片，轉為7天3片，4月9日起則是每14天領9片。不過由於醫院、捷運、火車等許多場合都要求佩戴口罩才能進入，民間仍出現擔憂口罩不夠用的聲音。政委唐鳳在3月31日在Twitter貼出影片示範用電鍋乾蒸口罩、重複使用；指揮中心指揮官、衛福部長陳時中也在4月5日親自在記者會上示範乾蒸口罩。

不過早在2月，中山醫學大學職安系副教授賴全裕團隊就曾發布研究，電鍋乾蒸口罩後5次以內，過濾效果仍符合規定；當時指揮中心被詢問是否可以用電鍋乾蒸口罩消毒，2月10日食藥署曾回應高溫烘乾可能破壞口罩結構，影響防護效果。

陳時中4月6日在記者會上被詢問，指揮中心為何一改先前說法，他表示由於2月時還沒有實證，食藥署認為茲事體大，因此這段時間做了研究驗證，證實中山醫學大學這份研究有效，因此才對外宣導，「這樣的態度是對的。」

曾瀏覽許多國外口罩資料的台北市立聯合醫院陽明院區胸腔內科主治醫師蘇一峰認為，乾蒸過的口罩的確還是有過濾效果，「這是沒有辦法中的辦法」，但民眾可能操作方式不一，若口罩足夠，還是不建議這樣做，特別在進出醫院等高風險場所、接觸高風險者，千萬不要重複使用口罩。

蘇一峰指出，若是搭乘大眾運輸工具、去外面買東西，沒有接觸到有風險的對象，口罩重複使用較無問題，但一般外科醫療口罩約僅有8到12小時壽命，配戴時間太長，口罩內側沾附到的皮膚油脂可能會滋生細菌，外側也會吸入物質。

台灣自1月21日出現首例確診，指揮中心便每天在疾管署舉辦記者會，初期不限制任何媒體進入，提問時間也沒限制。不過2月23日到3月2日曾來台演奏的澳洲音樂家返國後確診，導致曾訪問過他的台灣記者都遭到隔離。指揮中心在3月8日起宣布管制媒體數量，由每天約150人減低到約60人，並要求媒體提問需事前提供訪問綱要、不能問重複問題，記者會結束後也不能堵訪，引發媒體疑慮限制新聞自由。

指揮中心公關室主任曹凱玲澄清，過去記者會最高曾有180人參與，此變化是為了防疫和簡化流程，絕非限制媒體。

不過在媒體抗議下，事先提供訪綱的要求取消，記者會維持在約1小時左右，事後堵訪則由指揮中心發言人、疾管署副署長莊人祥在記者會後單獨留下，坐在台上供媒體訪問，不過照片則統一由指揮中心提供。

中正大學傳播學系教授管中祥認為，若發言人有被充分授權回答問題，目前由發言人記者會後留下來回答問題的制度是足夠的，不需要每個部會都留在現場訪問。

但要求媒體提供訪綱實務上不可能，因為記者根本無法事先知道指揮中心當天要講什麼，一定都是到現場後依照資訊判斷發問；觀感上，指揮中心也不該要求事先提供訪綱，「這樣會讓外界猜測指揮中心是否刻意迴避問題。」

不過3月30日公布3起死亡案例時，指揮中心並未在記者會提供新聞稿，也沒有主動詳細說明，而是在提問時間等記者發問才解釋；和平常每起確診個案都用新聞稿載明發病時間、症狀、可能來源的方式相較，公布死亡案例顯得被動許多。

管中祥認為，指揮中心必須提供充足的資訊給大眾和記者，追問和監督政府則是記者職責所在，「官方提供的資料愈公開愈好，不公布反而會被問、被質疑是否刻意隱瞞，反而形象不好，」他強調，「災難防疫最重要的是公開透明，不管是從防疫角度、公共關係角度、記者會效率都是如此。」

早期台灣確診者出現的症狀多為發燒、咳嗽、流鼻水等傳統呼吸道症狀，不過從歐美返台的確診者，卻有許多人出現嗅、味覺異常，國外也有文獻指出患者可能沒有呼吸道症狀，卻出現嗅覺、味覺異常。指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳在3月31日記者會表示，專家會議已經通過，將嗅覺或味覺異常納入通報採檢定義。

根據指揮中心資料，在3月24日前，216名確診個案裡，只有5人有味覺、嗅覺異常症狀，占2.3%；但3月25日到4月11日，169個案例，就有42人有症狀，占24.9%。

此外，歐美返台確診者也有許多出現腹瀉症狀，張上淳曾在4月2日一度表示，腹瀉是少部分患者的症狀，尚在研議是否納入通報標準。2天後記者會上，指揮中心就將腹瀉列入通報定義。

張上淳表示，在3月31日前，台灣322名確診案例，只有19名出現腹瀉症狀，占6%；指揮中心新聞稿資料則顯示，4月1日到11日的63名確診中，就有11人腹瀉，占17.5%。

截至4月11日，385個確診案例中，出現嗅、味覺異常的患者有47人，佔整體確診比例12.2%。腹瀉者則有30人，佔整體比例7.8%。

蘇益仁認為，這個病毒變化快，國際間陸續有文獻發現會造成嗅、味覺異常，以及神經異常，台灣的確診案例也從早期呼吸道症狀，到後來出現腹瀉、嗅覺和味覺異常，由於現在疫情仍處於高風險階段，因此必須要依照最新的臨床現況，擴大篩檢範圍，才能防堵病毒。

台大醫院小兒感染部主任黃立民則認為，這個病毒臨床變化很快，除了典型呼吸道症狀，嗅、味覺異常也佔一小部分，症狀和工作過度勞累很像，因此不一定需要看臨床指標，要盡量篩檢，若醫師覺得病患拖了好幾天都沒有好就要篩檢。

蘇一峰也認為，第一線醫師非常需要最新的臨床現況，判斷可能潛在的患者。許多醫師都會自行做功課閱讀國外文獻，「不過若有更多本土的流行病學資料，當然會對第一線臨床醫師診斷有更多幫助。」

他舉例，國外的患者多半是老年人、男多於女，台灣卻是年輕人居多、女多於男，原因是許多案例都是境外移入，多為留學生，「台灣的流行病學和國外不同，這些資料會讓我們知道該注意的不是老人，而是有出國的年輕人。」蘇一峰希望指揮中心釋出更多患者病史、病徵、病情變化等相關流行病學資料，供臨床醫師判斷，也讓民眾更有自覺，就診時詳細描述自己的病況，例如現在來看病的民眾，已開始會描述嗅、味覺有無異常。

指揮中心4月5日表示，結束居家檢疫、隔離者，另外要延長自主健康管理7天。自主健康管理仍可以出門，但要戴口罩、避免出入大眾場所、人潮擁擠處。

之所以在4月5日宣布延長，主要是因為近期新增的案例中，有部分是檢疫或隔離滿後，自行就醫發現確診。例如案338和341是一對夫妻，都參加過3月5日到14日的奧地利、捷克旅行團，同團有人確診，其他團員則未篩檢，居家隔離到3月29日，這對夫婦卻在隔離期滿後，3月30日到醫院回診心臟問題，醫師建議採檢後才確診。

這對夫妻隔離期間都有腹瀉症狀，但當時腹瀉仍未被納入COVID-19通報定義，他們是因為有旅遊史才被醫師建議篩檢、因而確診。由於嗅、味覺喪失與腹瀉是後期才觀察到的症狀，因此指揮中心認為保險起見，應該再加上7天自主健康管理。

指揮中心也另針對特定高風險對象全面採檢，例如已有11人確診的華航班機CI011，成為全台除了武漢包機以外，第一個全機採檢的航班。

4月7日指揮中心則進一步宣布社區擴大監測，納入4大類優先採檢對象，包括醫療及照護工作人員、航空機組員、美國回溯專案等高風險對象，以及清明連假前往人潮眾多景點者。前三者已經和健保卡勾稽，若未來生病看診時，醫師可參考留意；清明連假前往人潮眾多景點出遊的師生，則已經由教育部著手調查旅遊史，一旦疫情升溫也會和健保卡勾稽。

奧捷團含領隊在內共17人，最後總計有9人確診，其中有1名領隊死亡，2人重症。而這9人當中，有5人是隔離期滿才被確診，其中3人自認無症狀，是在此波回溯採檢時，於4月5日確診。另2人則是在隔離期滿後，因其他疾病問題到醫院看診而被確診。

華航CI011機組員共13人、乘客323人，在3月30日從紐約飛抵台灣，已有11名乘客確診，其他人皆在隔離中。指揮中心4月7日決定，針對機上其餘未確診者全面採檢，目前還在檢驗中。

台灣大學公衛學院副院長陳秀熙認為，篩檢範圍都是依照疫情滾動式修正，有些症狀可能民眾一開始沒留意到，醫師也沒有問，逐步擴大是對的。

他認為，接下來要擴大篩檢的對象是社區內有感冒症狀者，既然指揮中心已在社區設篩檢站，建議如果有民眾咳嗽就診，3天都沒有好轉就應該去篩檢。因為根據過往經驗，很多確診個案之前都有就醫但沒有好轉。

第二個要擴大篩檢的是高風險族群，例如人口密集機構、長照機構、慢性病患者、醫護、照護人員等，針對已經確診的旅遊團，要密切注意這些團員身邊的接觸者，他們有可能是高危險群。但篩檢量擴大，意味著居家檢疫、隔離的人數可能會增加，必須要有相對應的監測人力。

不過台灣人權促進會會長周宇修認為，法律上如果要收集整理當事人資料，要有當事人同意，或者引用《個資法》使用要件，但都要回到比例原則，思考註記必要性、要標誰、標到哪個範圍、資料可以被用到什麼時候。例如這個病若最多潛伏期到21天，健保卡保留到2月旅遊史就不合理，「一定要有退場機制。」

針對相關政策也要提出檢討報告，他舉例，政府在清明連假前，一方面沒有反對民眾出門，甚至有點鼓勵出遊，如今民眾反而要被註記，非常不合理。指揮中心要有內部協調機制，決策失誤時提出檢討報告，用意不是追究個人責任，而是思考問題怎麼會發生，設定決策的優先是什麼，是觀光、經濟或者防疫，避免下次再發生同樣的事，民眾清楚政府的優先順序，也會知道如何遵守規範。