因為該列車在內惟站停太久，列車又退行，加上停妥後再讓旅客上下車，耗時比預定時間長。當時高雄站值班站長透過無線電詢問列車為何沒有開動？後面停等的區間車在美術館站已經等待超過預定時間，但號誌系統顯示為紅燈無法開車，總共延誤6分鐘後才排除狀況。

交通部鐵道局營運監理組長徐榮崇表示，該起事故已經提報到專家學者組成的「行車事故調查會議」中討論，待4月下旬完成調查後，針對列出的改進事項將要求限期改善，觀察事項則是作為提升安全的建議，內容會公開上網。

該起事件僅由交通部鐵道局與台鐵公司調查，並未由行政院轄下的獨立機關「國家運輸安全調查委員會」進行調查，運安會執行長林沛達說明，重大運輸事故範圍包括：違反閉塞運轉、違反號誌運轉、冒進號誌、設備損害事故、車輛故障或外物入侵，有造成列車衝撞、出軌或火災之虞；而這起事件並未在上述中，所以未立案調查。

根據台鐵與鐵道局調查內容，歸納出這起事件三大疏失。

「停車位置不當」最嚴重的案例當屬2005年JR西日本福知山事故，當時的列車司機開過頭超過伊丹站月台72公尺，因為當時的JR西日本有嚴厲的處分以及教育訓練，資淺的司機在害怕被處分的情況下，與車長商量假報僅超過8公尺，並趕緊倒車補救；已經造成的誤點，司機希望透過超速追回，不幸以116公里的時速出軌撞擊公寓大樓，造成107人死亡、562人受傷的慘痛事故。如此重大傷亡，只是因為列車停車位置不當而引發的慘烈蝴蝶效應。

台灣大學軌道科技研究中心教授賴勇成說明，未有控制員授權的退行運轉（倒車）是鐵道運轉中極大的風險，很有可能會造成衝撞事故；地下段的衝撞事故，又有可能讓系統與乘客陷入失火燃燒的高危險環境中──因此鐵道運轉設有號誌、閉塞區間等讓列車之間保持安全距離，當有違反規定的退行（倒車），等同是公路的「闖紅燈」──再加上高雄鐵路地下化路段有個大彎道，後面列車轉彎過來後才看到前車，可能來不及反應。

為什麼在隧道內要更加謹慎？賴勇成解釋，隧道內若發生事故、出現燃燒或濃煙，將燒光氧氣直接威脅乘客生命，例如2015年1月12日美國首府華盛頓特區地下鐵內因供電接觸不良產生火花冒出濃煙，造成1人死亡、84人就醫。

2018年台鐵發生普悠瑪事故時，因為司機員擅自關閉ATP，導致列車超速卻無法被系統自動保護，在新馬站外高速出軌翻覆，造成18人死亡、215人輕重傷。後續台鐵檢討報告中就要求司機員不得任意關閉ATP。

根據台鐵運行圖顯示，3334次區間車後面有另一台區間車3258次，台鐵內部人士指出，幸好黎姓司機員只是超過3節車廂，如果超過更多進入下一個閉塞區間，等於是內惟站的閉塞區間是淨空狀態，那後面的3258次區間車行進時的號誌會顯示綠燈，就能一路開進來，就很有可能發生衝撞事故。

因此台鐵內部調查報告中指出「司機與車長安全風險意識薄弱」：司機員未落實指認呼喚應答確認停靠站、擅自更改ATP模式、未落實通報作業規定、違反規定逕自退行、隱匿不報等多項；車長則是未落實通報作業規定與違反規定逕自退行。

台鐵的運轉規章明訂，必須要與值班站長或控制員聯繫，取得退行指示才能在中途退行。此舉是要確認後方列車的位置，並由值班站長或控制員確認安全下才能行動，否則就是高風險行為，未通報屬於第一級嚴重的違規行為。

至於黎姓司機員雖未關閉ATP，但未經許可擅自改動ATP模式，已經屬於第二級嚴重的違規。

台鐵機務處副處長吳元復受訪時指出，該名司機員確實違反多項規定，因此「重懲是免不了」。台鐵2023年實施「司機員記點制度」後，記滿7點將汰除；這起事件中，黎姓司機員停車位置不當記1點、擅改ATP記2點、未通報記3點，總記6點。雖然還需等鐵道局最終調查結果，但建議記6點已經是記點制實施以來的最重處分。

除了司機員技術問題與未確實遵守SOP通報之外，制度性問題也重複發生。內惟站停車位置不當的狀況，與2019年8月6日三塊厝重大鐵道事故非常類似──此案更是驚險，區間車擅自退行時，後方一列自強號已經進入同一個閉塞區間當中，還好自強號當時速度不快，司機員看到前方列車尾燈緊急煞車，煞停時僅差區間車已不到200公尺。運安會啟動調查，並於2021年1月公布完整調查報告，對台鐵局（現已改為台鐵公司）提出5項改善建議，陸續都已經完成並解除列管。

既然都已經改善完畢，為什麼如今還會發生類似狀況？其中第4項建議「重新檢視ATP進站減速曲線設定，提供強制停站功能」，報告中發現台鐵在簡易通勤站的ATP容許速度為時速15公里，而非0公里，此規定容易造成司機員以慢速滑行方式進站，萬一太晚煞車就會開過頭。

這次內惟站再次發生停車位置不當、列車開過頭的狀況，主因在於內惟站並未依照運安會的要求將ATP速度容許值調整為0。根據運安會的資料，台鐵試辦「新馬、三塊厝、汐科」3站ATP速度容許值調整為0，並持續滾動檢討，爭取經費擴大至必須之簡易站。換言之，新馬、三塊厝、汐科站之外的小站全都沒有依照建議更改ATP速度容許值為0，而這次狀況就發生在沒有改的內惟站。

吳元復解釋，如果將ATP進入簡易站的速度都設定為0，擔心如果司機員太早煞車，ATP啟動下，可能會進站未完全就提早煞停，造成車尾有部分車廂未停在月台內，因此當時根據運安會建議試辦3個站，內惟站確實是有容許時速15公里進站的舊狀態。當年就有台鐵內部司機員建議，地下化路段比較昏暗，站距又短，或許可以先從易發生停車不當的簡易站做起，不需要全面調整ATP速度容許值。

台鐵這次內惟站退行事件，更是三塊厝事故的翻版。賴勇成認為，依據海因里希安全法則（Heinrich's Law），一個重大傷亡事故的背後，有將近30個輕傷事故與300個虛驚（無傷害）事故，如果不重視每一個虛驚事故而掉以輕心，當虛驚事故不斷累積，很有可能就又會發生重大傷亡事故。以現代鐵路系統的先進程度來說，超過8成的鐵路事故與人員失誤相關，JR西日本就特別針對人為因素與操作失誤制定安全訓練教材，並對明顯未遵守SOP的事件進行嚴格檢討，以防類似情況再次發生，反觀台鐵近期調車事故頻傳大多肇因於此。

4年前的4月2日，清明連假第一天，408次太魯閣號行經清水隧道北口撞上從山坡滑落的工程車，造成48死、213人輕重傷。2022年《報導者》專訪4位罹難者家屬，他們組成「太魯閣的眼淚」，從哀傷的支持團體走上積極倡議之路，要監督台鐵安全改革。2023年底，外部監督台鐵安全改革委員會成立，「太魯閣的眼淚」家屬陳鵬年與秦櫻華協同前交通部長賀陳旦擔任共同召集人，至今已經召開11次會議，兩人受訪時都說：

「我們沒有一次缺席，一直想要用行動證明給台鐵人看，我們不是三分鐘熱度，會一直努力監督到台鐵變安全。」

在太魯閣事故4週年前夕，陳鵬年獲知內惟站未遵守SOP的事件，他臉上沒有太多表情，只淡淡地說：「好像不太意外，一個龐大機器要變安全真的有點難；但如果我們不繼續監督，還有誰願意做？而且這些年來認識很多專家學者，都願意陪著我們捲起袖子做事。」秦櫻華也提到，從完全不懂的外行人，慢慢開始好像懂一些，「我每次都會來開會，以罹難者家屬身分給台鐵壓力，我們家屬沒有放棄前，誰都不能敷衍我。」

陳鵬年表示，雖然家屬是外部監督委員會，但身為共同召集人有權也有義務要在會議中提案討論「內惟站一案」，明確地告訴台鐵公司要清楚交代整個調查過程與後續的檢討作為，家屬希望重複的錯誤不要一而再、再而三地發生；當三塊厝站已經有一次驚險瞬間時，「為什麼又會發生類似案件，這很不可思議。」

其實這4年間，「太魯閣的眼淚」沒有停下來，他們自費到日本兩次，除了在關西大學名譽教授安部誠治協助下與福知山事故家屬碰面，參訪JR西日本，去年也參訪東京地鐵研修中心裡的安全繫想館、拜訪日航123航班御巢鷹山事故的家屬，甚至還進到日本國土交通省交流。陳鵬年分享，2012年日本國土交通省成立「公共交通事故被害者支援室」，只要是公共交通事故都由這個單位協助受害者與其家屬。赴日參訪回來後，「太魯閣的眼淚」也把心得轉交給交通部長陳世凱。

今年2月24日，陳鵬年第一次以講師的身分幫台鐵行車人員上課，分享家屬為什麼要監督台鐵，這4年來做了什麼事，看到日本對於事故後的檢討與實際作為，以及身為受難者家屬或受難者，在事故現場的心境，並希望所有台鐵人都謹記「安全得從遵守SOP開始」。陳鵬年說：「今年還要跑中南東三場，至少要讓台鐵人記得曾經發生的事故，並看到台鐵慢慢改變。」

到現在還有很多台鐵員工認為太魯閣事故是包商的錯，台鐵也是受害者，但賴勇成舉例，每次到台鐵上課都會提到一個案例：「跟團出國結果食物中毒，回國後旅行社說這是當地餐廳的錯」，詢問台下的台鐵人怎麼想？這樣的心態是建立安全文化很大的阻礙。

陳鵬年經歷太魯閣事故後，經過4年，每次要到花蓮開庭仍不願意搭台鐵，寧願開車。賴勇成認為，運輸需要建立的是信任，制度、人員訓練都是一環扣一環；每年要悼念重大事故，督促台鐵建立完整的安全訓練體制，就是希望員工──尤其是事故後再進來的員工──別忘記事故帶來的教訓。

兩年前「太魯閣的眼淚」家屬們爭取到保存事故車廂，目前暫放在桃園市楊梅區台鐵的富岡基地，等待紀念館完工。2025年的事故4週年當天，會在蘇花的和仁隧道、清水隧道與崇德隧道三段設置紀念燈光，每年4月2日至6日的5天內，通過的列車都會關燈以悼念事故，提醒大眾記住這個傷痛，讓悲劇不再重演。