台灣另一側，4月8日表定要進行儀器保養的中山大學新海研3號研究船，在學界主動召集下，臨時從高雄港出海，趕赴這次震央的海域，調查海底地形變化──這將是理解本次地震破壞力、斷層危害的重要依據。921地震時車籠埔斷層沿線錯動最高處可達6、7公尺，許樹坤說：「同樣道理，（斷層）出露的地方也可能在海域附近；以前我們可能有些舊的（水深）資料在那邊，可以比較落差大概多少，就可以很明確地掌握地層錯動量。」

另一方面，陸地上的地震學者則趕緊根據現有收集到的資料，分析最即時的地震資訊，4月3日下午3點，中研院的台灣地震科學中心已經發布花蓮地震分析。當天中正大學地球與環境科學系教授温怡瑛接受《報導者》採訪時表示，該地震從震源機制分析是屬於逆衝斷層，雖然西傾或東傾還要進一步判斷，但從餘震的分布，可以觀察到地震是往北破裂，導致北部搖晃相當劇烈。

台灣大學地質科學系特聘教授徐澔德指出，台灣很多地震不是發生在陸地、而是在海裡，很多斷層構造也是從陸地延伸入海；從這次地震來看，除了學者們擔心的琉球海溝可能發生大地震與海嘯之外，非屬海溝的孕震構造，的確也有可能造成較大地震──這次403花蓮地震就是例證。

這次震央在海底，能掌握的地質資料相當有限。不過隨著愈來愈多科學分析出爐，這次大地震與「大港口外海高區逆衝斷層」較為吻合。

但這只是初步的判斷，403花蓮地震究竟由哪個斷層導致？徐澔德認為，仍要更多科學資料支撐，「我們可能有6、7成的把握知道那個地方（指震央）有斷層，但是這次地震是它造成的嗎？我覺得我有沒有1、2成的把握都不好說， 我只能說（該斷層與目前分析結果）沒有矛盾。」

事後檢討，吳健富指出，電腦系統設定25 gal以上，少0.1 gal都不行，這次台北在第二報測到23.8 gal，已經非常逼近25 gal，因此地震測報中心在震後修改系統程式，對於PGA的下限設定誤差或容許值，避免類似狀況再發生。

此外，過去曾經發生在日本琉球海溝的地震，因為地震與餘震之間的規模有落差，而持續發布十幾次警報，因此後來設定規模差距0.5以上才會連續發警報。吳健富指出，這也是這次事後檢討的重點──這次第二報6.8，第三報已經達到7.0，但因為沒有超過0.5以上，所以系統瞬間認定未達發布標準。這些都是系統設定上的細節，檢討後已經降低門檻，規模超過6.5以上，就降低發布警報的門檻。

只是上述兩項檢討都只是細節上的修改，科學系統就是得在錯誤中不斷修正。吳健富指出，因為規模達到發警報標準卻沒發，該被罵的由他承擔，但不會怪罪同事，系統設定始終得更精進。

但真正關鍵還是到底地震儀能不能第一時間測到精準的震度？

完工後因為漁民的底拖網損壞儀器後失效，2015年再爭取到5.4億元第二期計畫設置3個觀測站（含之前損壞的1個測站），往外延伸70公里長度；2017年在前瞻計畫的支持下，進行第三期計畫以13億元延伸620公里、增加6個觀測站，讓光纖海纜繞過巴士海峽從屏東枋山上岸。

景國恩解釋，有連接光纖海纜的地震儀，在接收到地震波時，傳輸訊息回陸地的時間可以快過地震波，而愈早收到訊息，就能多爭取幾秒鐘預警時間，海嘯又比地震波更慢，可以爭取更多時間。

根據2014年第二期的計畫書內容，這項計畫可以讓琉球海溝附近發生地震時，為台灣爭取10至20秒的地震預警與20分鐘的海嘯預警。為什麼是琉球海溝？主因於在學術上分析，琉球海溝被認為可能發生規模超過7以上的地震。

吳健富指出，從歷史資料分析，東部近海地震規模多在6左右，反觀琉球海溝有發生更大規模地震的可能時，在經費有限下，只能規劃海纜特別往東部外海繞，距離台灣愈遠愈好，一旦琉球海溝發生大地震時，才能為台灣爭取更多預警時間。

地震震央與震度的測量，主要概念是利用多個地震儀互相校正震央位置。換言之，如果震央的上下左右有三個地震儀，就可以三點定位快速找到震央；反之，當地震儀都集中在同一邊時，就算使用多個地震儀定位，仍會有一定的誤差出現，而這次403花蓮地震就是如此，這也是專家們認為需要在海底有多個地震儀的主因。

對比鄰近的日本，也是地震與海嘯頻仍的國家，311大地震以前，已經鋪設10條海底電纜觀測系統，都是以線性方式鋪設，但311海嘯仍造成嚴重傷亡，因此投入190億日圓（約新台幣60億元）在2017年完成S-NET計畫，併入預警系統中。這條長達5,500公里的海纜，以「之」字型的方式排列，布設多達150站，讓海纜像貪食蛇一樣圍繞在日本東北的東部外海，建構綿密的地震與海嘯預警系統。

許樹坤補充，台灣因為經費的關係，無法之字形排列，而是在一條海纜上設置地震儀，「日本是網狀式散布，站點很多，偵測效果就比我們好。」從氣象署的資料中顯示，三期媽祖計畫共設置9個地震儀。

許樹坤表示，這次地震是讓學界更加了解台灣附近海域地底構造的機會，「好像一個人，你沒有生病，你就不知道其實我哪邊較脆弱一樣。」

由於過去對東部海底斷層不夠了解，所以鋪設海纜地震儀時只考量琉球海溝。許樹坤強調，若要持續精進地震監測，就得建立於基礎科學上，「我們對一個環境較了解時，我們就有概念該在哪邊布設（海纜地震儀）。把經費花在刀口上，哪邊認為有potential（潛勢），就盡量去做一些布置工作。」景國恩也強調，海底斷層調查知道愈多，愈知道要怎麼將有限資源投入在合適的地方，雖然海底調查比較困難，但仍具備參考價值。

發生在外海的地震，也有可能造成海上設施損毀，造成經濟損失。2006年，屏東恆春外海發生規模7.0地震，海纜斷裂使東亞通訊嚴重受阻。

台大海洋研究所副教授蘇志杰指出，當我們對於海域構造有更多理解、掌握地震對海底地形的衝擊，也將有防災層面的效益。例如未來在新申請設置海纜時，可以判斷哪邊是危險地點，加以排除、提供較好選址建議。

他解釋，屏東地震時已觀察到海床沉積物發生液化、向外噴發，同時產生大量碎屑。研究團隊未來將前往東部海域調查是否出現類似現象，這在台灣西岸近年興建愈來愈多風機的當下，更顯重要，幫助人們評估地震衝擊。

不過蘇志杰也坦言，人才投入是一大難題：「我們對於這些災害的事件，在陸上（研究）相對比較完善，不管在設備上或者是人員上；但是海域的部分則有很大的空缺，不單單只是因為經費問題、儀器設備問題，我覺得最大的一個問題還是在於人力，因為海洋調查需要更多科學家投入。」

中研院地球科學研究所特聘研究員馬國鳳指出，面對地震的不確定性，科學家找到現階段共識十分重要，「 因為證據會愈來愈多，或者是有些我們本來存疑的地方逐漸釐清，所以台灣地震模型才會5年（更新一次）；學術研究有論文發表、有同儕審核過的結果我們才引用。我們用更有邏輯性的方式去評估危害解釋──它永遠有不確定性，但是我們用一個比較客觀、穩重的步伐去進行。」