公害防止事業團（以下簡稱事業團）成立之前，日本與汙染公害相關的法律只有《水質保全法》及《排煙規制法》，個別廠商的公害問題則是各地方政府制定自治條例來因應。但這些制度卻無法從根本來解決長期累積的住宅和工廠混雜問題。

事業團的組織規模共有200多人，有80人是從地方政府轉調來的，另外還有從中央經濟產業省、厚生勞動省等各部會借調來的專任職員90人，分為業務、工務、財務等部門。運作經費由政府撥款，從郵政儲金與退休基金低利借出，再逐年償還。事業團主要扮演「協調者」角色，把與公害政策及環境政策相關的各類利害關係人，如中央政府、地方政府、企業、居民等都拉進來，也把散落在各行政部門的工作整合起來。為了推廣公害處理技術，事業團連續15年出版各種環保技術的手冊。

從1965年至1990年的25年內，事業團的足跡踏遍日本全國，從北海道到九州在各公害發生的地區成立分支機構，以全國視野主動協助各地政府及廠商面對、並解決公害問題。在日本東海大學任教、同時也是環境福祉學會理事的藤田成吉教授，在事業團工作直到65歲退休。他提到：「一開始的狀況，是事業團透過54個都道府縣（地方政府）進行提問，由地方的環保局、經濟發展局，再加上廠商所組成『協同組合（廠商聯合會）』，這三方來進行商談，討論解決策略。」有些地方的問題是缺乏汙染處理技術，中小規模的工廠若各自興建汙染防制設備成本太高，很難有經濟效益。

因此，事業團設置了27處「共同公害防止設施」，提供技術協助廠商集中處理汙染問題。為了隔絕工廠與住宅區，防止汙染影響周遭的社區及農田。事業團還協助設立了51處隔離綠帶及2處國家風景區（總面積為1,031公頃，相當於40座大安森林公園）。這些綠地由廠商、中央政府、地方政府各出資三分之一，用來設置公園與社會福利設施，並移轉給地方政府營運。

另一方面，過去工廠太過分散，製程中的汙染及噪音振動，常會影響周遭的農田及社區。若能把工廠都集中在工業區內，不只可以解決「住工混雜」的問題，方便管理環境汙染。廠商也能有充足的水電供應與完善的交通規劃，來提高生產效率。藤田成吉表示：「住工混雜除了有噪音、震動、高熱和汙染等問題外，社區道路狹窄對原料載運也會有麻煩，所以對高度經濟發展階段下的日本中小企業來說，這樣的地點是沒有條件繼續好好生產的。」

因此，事業團與地方政府合作，運用掩埋場與舊礦場等閒置用地，在日本全國設置了154棟「共同利用工廠」及總面積約為650公頃（相當於25座大安森林公園）的158處移轉用工業區，提供給廠商。經由這些案例拋磚引玉，事業團提供了一個公害問題處理的模式，也帶動地方政府及民間社會的經驗學習，對後來日本的環境政策造成重大影響。

廠商若要進駐這些工業區，就必須符合條件並且必須在3年內移入並營業。事業團要求想進駐的廠商，都必須先組成「協同組合」，當作後續移轉與行政程序的對口單位。為什麼日本政府會要求業者一定要組成團體呢？寺尾忠能提到：「剛開始這些業者團體是為了培育產業來成立的，後來為了解決汙染也是由這些產業團體著手。因為通產省不想與這麼多廠商溝通，所以會鼓勵他們集結與組織起來，然後與業者的代表溝通。」因此，要以「協同組合」的名義來出面，才能申請土地建物15～20年的長期低利貸款及產權移轉。

「協同組合」還會負責後續工業區內的水電申請分配、區內公共設施及道路維護、營運共同汙染處理設施及工業區管理。由於是由協同組合向事業團審請貸款，故個別廠商要直到向協同組合還清貸款後，才能取得土地及建物的所有權。若過程中有廠商無力償還，「協同組合」裡其他廠商也要負起連帶償還責任。因此，在組「協同組合」的時候，廠商間會嚴格審查彼此的財務狀況與經營能力，取得大家的認可通過後才能入會。事業團則以「協同組合」作為廠商溝通的單一窗口，不只整合容易，財務連帶責任的設計，亦使得工業區內廠商凝聚了共同克服時代困難，提升產業品質，往更高境界發展的集體向心力。

對企業來說，興建汙染處理設施需要大筆資金投入，但卻又不像擴廠或增購生產設備，會對企業的財務帶來直接收益，所以過去中小企業很難以環保改善的名義，向銀行借到足夠資金。另一方面，就算銀行好不容易點頭貸款，當時6～8％的高昂利息，也讓中小企業財務情況捉襟見肘。為了解決環境改善所需要的資金困境，事業團就以行政法人的名義擔保，從公股銀行直接取得資金；再以長期低利貸款的方式，協助中小企業改善環保技術與建置汙染處理設施。

藤田成吉特別強調：「經濟誘因方案是事業團很大的重點，企業只要準備頭期款5％就能參與，前面兩年還不用還，所以剩下的95％就是以低利在20年內逐步償還。那時候日本其實是個高利率情況，利息比長期利率還要低，是很大的誘因。」

在貸款資格審核上，事業團付費委由民營行庫，作為貸款申請、款項撥付與報告查核的窗口，也讓這些行庫更瞭解環保設施的功效。在過程中，民營銀行與企業間會逐步建立相互理解及長期合作關係，未來中小企業就能更順利地從民間取得資金。後來，民營銀行看到事業團融資並沒有太大風險後，於是大規模跟進。貸款的對象橫跨不同行業，包含電子業、化學工業、造紙業、鋼鐵業等，對於日本環保技術的整體提升非常有幫助。

森嶋彰說：「事業團其實可以自己直接發款借貸，但最後卻選擇透過銀行來協助實質審查財務的方式，就是為了讓銀行瞭解這樣機制的運作，並實質協助產業投資『環境公害對策設備』，這其實就是環境成本內部化的落實。事業團除了給銀行一定的審查費外，還負責總體的技術評估，以及最後撥款到銀行。」

1975年是貸款的最高峰，當年度事業團總共貸出了1,265億日圓。以當時的匯率來換算，大約是新台幣162億元。而這個金額相當於當年度台灣中央政府總支出的22％。日本政府投入大量的資源與經費，希望徹底解決公害問題，到目前為止，事業團的融資總額約為2兆日圓，佔日本全國的公害防止投資總額20兆至25兆的1成，換言之，僅1成的官方融資，就帶動了10倍的效果。

日本政府為了解決長期環境公害及住工混雜的困境，以多管齊下的方式，從管制法令、治理機制、資金提供、汙染防制技術研發、土地使用等五大策略方向，來整合處理。森嶋彰指出，事業團是藉由「法令管制」跟「產業輔導」這兩個核心工具的交互運用，希望從各面向來解決長久以來的產業公害問題，而第一線的監督要如何確切落實，其實得仰賴「緊張感」的構成，除了仰賴市民的監督及倡議，更得透過地方政府環保局及環保警察的確切檢測與取締，才能使解決公害問題。以比喻來說，就是糖果與鞭子、也就是台灣常說的蘿蔔和棍子並行，才會有效。

相比之下，台灣過去的做法則是頭痛醫頭、腳痛醫腳，各機關無法整合。1990年代違章工廠現象就很嚴重，但經濟部對中小企業的輔導措施，都只聚焦在品牌經營和新產品開發，無視於土地與公害問題；工業區的設置只要地賣得出去，有人買就好，坐視工業土地價格被哄抬與炒作；違章工廠只被當成違章建築，由建管與農政單位自己來管理。

2010年《工廠管理輔導法》立法，但經濟部針對違章工廠仍只有消極管制，沒有積極輔導，更不用說如同日本成立事業團之類的專責法人來整體處理。若有工廠願意遷入合法工業區，也得自己想辦法籌錢買被炒作後的天價土地，而政府沒有任何的資金貸款及協助機制。整體來說，在台灣在機關各自為政下，類似問題被分切成片段，呈現出「治理失靈」的樣貌。