由於金酒公司帶來許多福利，對於金門酒廠的環境汙染，一直是許多金門人避談的話題，民間甚至有這樣的耳語：「要是打汙打到金酒停產，就是金門的罪人」。

2014年，民進黨籍縣議員陳滄江開了第一槍，他在縣議會提出質詢表示，昔果山（金酒汙水排放口所在村莊）附近的民眾陳情指出，在排放口週邊的海灘都被汙水汙染，致使海域的土呈黃褐色，而當地的花蛤消失，民眾也懷疑這個現象是金酒汙水排放所致。

陳滄江不但在議會質詢金酒公司，也親赴排放口取水化驗，以了解金酒的汙水是否合乎排放標準。

過了兩年，2016年5月的金門縣議會定期大會，國民黨籍縣議員許建中再度提出相質詢，並現場查勘取水化驗，確認金酒排汙是否合格，結果合乎排放標準。但許建中提醒，金門酒廠的汙水排到金門海域，如果不合標準，汙染到生態和海邊生長的生物（花蛤），不但影響金門的環境，更可能危害金門人的健康，所以一定要隨時注意緊盯著。

金酒對環境造成汙染的兩大來源，一是生產廢水（汙水），另一是酒糟。

一位曾在金酒公司服務的知情人士指出，金酒公司金寧廠必須依法設置三級處理的汙水廠，但該工程一開始在招標時就發生弊案，以致前金酒董事長李成義因該案被判刑，目前正在服刑中。

該人士透露，金寧廠的汙水廠雖於1997年完工啟用，可是汙水排放標準一直都沒有辦法過關，其間金酒公司試著用各種方法改善，包括扣住興建廠商的工程款要求其改善，最終原廠商倒閉，金酒公司只好另謀招標之途。那段期間，台灣環保業界聽到金酒的汙水廠案，大多視之為燙手山芋避之惟恐不及。

一直到2010年間，金酒公司前總經理吳秋穆擔任工務組長時，提出在金酒公司一路之隔的前厝營區，開闢一個生態園區，讓金酒的汙水導流到園區內滯留，而不至於一味地放流大海。

然而，現任金酒公司技術副總張國原表示，這個看似完美的計劃，在經過詳細評估後發現，前厝營區和金酒公司的地勢位置無法作成滯留汙水的生態園區，導致計劃告吹。

由於汙水處理遲未改善，金酒公司基層員工透露，2010年金酒在招考備用作業員時，包裝工試場就位在汙水廠旁，當時的董事長李清正勘查考場，聞到從汙水廠傳出的惡臭，還向旁人反應「我們公司的汙水廠怎麼比豬圈還臭？」可見當時汙水處理的情況有多糟。

張國原指出，金酒公司後來在整個汙水處理程序中，在一級處理和二級處理之間，增加了「厭氧」程序，也就是當廢水經過「酸化槽」之後，在進入生化處理之前，加蓋一座「厭氧處理槽」。

這個「厭氧處理槽」於2014年完工啟用之後，根據檢測數據發現，金酒生產廢水的排放標準，都合乎法定的排放值。因此當縣議員會勘時，金酒的汙水排放都合於標準。

厭氧處理槽成為金酒汙水良值化的轉捩點。根據金門縣環保局稽查檢測的結果顯示，金酒公司汙水依法應檢的項目有「酸鹼度」（ph值）、水溫、生化需氧量、化學需氧量（COD）、懸浮固體、真色色度」等幾項。在該年4月的檢測中，化學需氧量（COD）就沒有達標，且在這期間的幾次檢測，水質的數據呈現不穩定的狀態，但在該年下半年的檢測紀錄發現，金酒的排放水水質已呈穩定的合格狀態。

針對外界質疑金門縣政府查核不力，金門縣環保局稽查隊抱屈指出，金酒公司的廢水操作申報，依法每半年一次，一年只要兩次而已，但環保局稽查工作則是不定期、不限次數。

稽查人員強調，根據該局的稽查紀錄顯示，在金酒汙水廠改善成功之前，2011年1月到2014年12月止，環保局共稽查金酒汙水排放32次，頻率可以說是月月稽查，採樣檢測共15件，結果在這幾年間水質嚴重不合格被裁處過2次，2013年3月裁罰11萬元，2014年6月裁罰6萬元。

環保局官員表示，這些稽查結果皆依法處理，「只是沒有見報，不是沒有作為。」

張國原說，金酒公司近年致力將洗瓶水、冷凝水和一般生產廢水分流，這些水大都是清水，可以回收循環作洗瓶用，另外一小部份作為廠區園藝造景灌溉之用。這項配合縣政府節能減碳計劃的措施，減少了金酒的汙水排放量，也讓可回收利用的水沒有放流大海浪費掉。

不過，張國原也分析指出，除了厭氧槽發揮作用，另一個重要原因是金酒近年銷量萎縮，粗估一年減少生產500萬公升酒，生產量減少，汙水量自然跟著減少，相對汙水廠的處理負荷也減輕，除汙品質自然也跟著提升。

兩年前揭發金酒汙水汙染海岸的縣議員陳滄江則表示，在居民和縣議會的監督之下，金酒公司的汙水處理排放的確出現改善，但是已經被汙染的海岸和生態，就得要靠時間慢慢恢復生機。

至於金酒另一項汙染來源──酒糟，則是釀酒過程中必然產生的廢料。雖稱廢料，卻因其中含有豐富的有機物質和營養成份，無論是作為肥料或是飼料都是很好的原料。

張國原表示，早期金酒公司將酒糟全部往海裡倒，結果在10餘年前，民眾反映汙染了金門西南角海域，在民情壓力下，金酒公司對於酒糟的處理改弦更張，對內免費提供給金門農戶，對外則將大量的酒糟發包給廠商清運回台運用。

他指出，招標給廠商運到台灣的酒槽，據了解大部份是作為畜牧場的飼料原料，金門本地農戶拿去的酒槽也大都用在牲畜飼料用途，只有一部份作為農用的肥料使用。

針對酒糟的清理使用，金酒公司在「八二據點」（料羅港旁海邊）興建了下腳料處理廠，就是要處理酒糟及經過水處理後的汙泥，將其製成有用的有機肥料。目前硬體廠房雖已蓋好，但內部處理技術仍莫衷一是，因此這個處理廠還無法開始上路運作。

金酒內部員工則表示，由於近年台灣酒廠也產生許多酒糟可供市場使用，在供過於求的情況下，酒糟的價格下滑，以致金酒的酒糟清運成本相對提高，廠商投標的意願降低，酒糟處理並不如如往年順利。而縱使招標出去，廠商處理酒糟的效率也比過去慢，延滯運離金門的情況時有所聞，使得金酒酒糟成為汙染金門的一顆「隱形炸彈」。

居住在金寧鄉安岐的許老伯表示，金酒的酒糟已經成為地區汙染的根源。他說，金門地區的農戶將酒糟拿回去堆肥，並不是採取密閉式的堆肥方法，都是在自己的農地上，找一個地方以酒糟為基底，再放入雞屎、菜葉、廚餘等物混著發酵，過程中發出的「糟味」會隨著風勢飄到各處，汙染也隨之進入空氣之中。

為了解決酒糟對於環境汙染的隱憂，張國原表示，金酒公司除了加速下腳料廠建成後的運轉，也在清運合約的管理上，加強監督廠商的執行情況，並且進行不定期的稽查，以免發生酒槽汙染環境案例。至於農戶的堆肥造成的空氣汙染，就得用道德勸說和縣府農政單位輔導雙管齊下的方式解決。

張國原強調，金酒公司之於金門，得要「能生金蛋，也要會清雞屎」，才是一個符合社會期待，並負起社會責任的企業。

金門地區環保意識抬頭後，金酒公司能否做到「清雞屎」保證，在地居民正拭目以待。