COVID-19（又稱武漢肺炎，或新冠肺炎）傳出可能來自蝙蝠，而2002年的SARS病毒也來自蝙蝠，再經由中間宿主果子狸傳播給人。這類人畜共通傳染病已經是全球面臨的新挑戰，如何在疾病未到達人類身上前阻斷傳播，例行而廣泛的「動物監測」，是取得先機的關鍵。
台灣2016年就開始監測蝙蝠冠狀病毒，沒有驗到會傳染給人的病毒。雖然台灣防疫體系走在前頭，卻有不少隱憂：獸醫師就業偏好穩定、薪水高的犬貓動物醫院，工作繁重的公職獸醫長期缺人；而和民眾關係最密切的地方政府家畜疾病防治所，卻被動保業務纏身，獸醫的日常是在街頭狂奔抓流浪狗做TNR（Trap Neuter Return，即誘捕、絕育、回置），導致許多考上公職的年輕獸醫師紛紛求去，招不到人把關動物的疾病安全。
21世紀以來，幾次重要人畜共通傳染病的宿主都被懷疑是蝙蝠，例如2002年的SARS、2012年MERS，以及這次的COVID-19（武漢肺炎）。事實上除了上述這些案例，蝙蝠也是世界上古老的人畜共通傳染病「狂犬病」病毒的宿主，因此世界各國對蝙蝠的監測不遺餘力，不論是蝙蝠身上狂犬病的基因序列，以及近年流行的冠狀病毒，都已經建立起龐大的病毒資料庫，各國科學家可以交互比對基因序列，判斷病毒是否出現變異、可能的傳播途徑。
養兵千日用在一時，這次世界衛生組織（World Health Organization, WHO）在1月7日宣布出現新的冠狀病毒（2019-nCoV），中國1月10日就公布病毒全基因序列、2月2日宣布此支新冠狀病毒和一種蝙蝠身上的冠狀病毒基因序列相似度高達96%，WHO在2月11日進一步指出，病毒源頭可能是菊頭蝠科底下的菊頭蝠亞種。
相較於SARS一開始被誤認源頭宿主是果子狸、3年後才證實是蝙蝠、2013年確認原始宿主是中華菊頭蝠，此次新型冠狀病毒不到一個月內即完成基因定序與源頭宿主比對，顯示出動物監測網絡擴展了人類對病毒的認識。
屏東科技大學研究指出，感染人類的1,400多種病原中，人畜共通傳染病就佔了其中的61％，人類新興傳染病則有超過70％是接觸野生動物所導致。
從SARS、MERS（中東呼吸症候群冠狀病毒感染症）到COVID-19，近年來重大新興疾病都來自人畜共通的冠狀疾病，而其源頭宿主都指向蝙蝠。事實上，台灣也長年監測蝙蝠身上的病毒。
台灣2008年就曾監測蝙蝠是否帶有狂犬病毒，自2013年狂犬病毒重現後，防檢局更開始常態性監測野生蝙蝠，2016年起也委託台北市蝙蝠保育協會和農委會家畜衛生試驗所（以下簡稱畜衛所）採樣野生蝙蝠的排泄物和口水，監測冠狀病毒，目前都未發現有會感染人的冠狀病毒和狂犬病毒。
根據畜衛所資料，目前經常性監測的有蝙蝠冠狀病毒和狂犬病病毒。冠狀病毒方面，2016年至2019年合計檢驗了522件傷病或死亡蝙蝠的口腔拭子和肛門拭子，其中22件檢體呈現冠狀病毒核酸陽性反應；依病毒核酸序列分析結果，病毒分別屬於阿爾法冠狀病毒屬（Alphacoronavirus）與貝塔冠狀病毒屬（Betacoronavirus ）兩屬。
畜衛所疫學研究組組長李璠表示，因為未進行病毒分離，只能概略地了解病毒的分類，無法透過完整基因體的基因定序鑑定它們是哪一種病毒。
不過畜衛所分析，這些病毒與2019新型冠狀病毒、SARS冠狀病毒、MERS冠狀病毒的親緣關係相對較遠，目前沒有證據顯示它們對人類具有病原性。
狂犬病病毒則是檢驗死亡蝙蝠的腦組織，2016年至2019年合計450件，均沒有測到狂犬病陽性檢體。
不過畜衛所在台灣的「東亞家蝠」和「絨山蝠」測到4件麗沙病毒陽性檢體，是全世界新發現的麗沙病毒，但目前沒有證據顯示這些病毒對人類有致病性。
這些重要的基礎工程，必須仰賴公家單位獸醫師長期投入，但公職獸醫這個鐵飯碗，卻常常沒有人要端。
農委會動植物防疫檢疫局（以下簡稱防檢局）2019年曾盤點全國公職獸醫人數，目前全國動物防疫機關正式獸醫職員有531人，辦理防疫業務有339人，動保業務256人，其中有64位同時兼辦防疫、動保業務。這些數字是依業務內容計算，台灣還沒有專門的「防疫獸醫」或「動保獸醫」認證。
也就是說，扣掉防疫、動保兼辦的獸醫，全台僅275位公職獸醫專責防疫業務，而根據2018年農業統計年報，全台豬隻在養頭數約550萬，雞鴨鵝1億1千隻。2019年台灣因高病原性禽流感撲殺了99萬隻家禽，而2015年禽流感大流行時，撲殺總數更達到540萬隻，平均每天有2.6場確診，各地公職獸醫疲於奔命。
防檢局副局長徐榮彬表示，這531位是指目前在線上的公職獸醫，實際上全台還有119個公職獸醫職缺沒招滿，其中負責防疫業務的就有75人，「平常沒有疫情時或許還算充足，但真的有疫情來可能就不夠。」
徐榮彬指出，防檢局、畜衛所的公職獸醫多從各分局、地方升上來，人數較充沛，缺最多的是地方政府防疫單位，公職獸醫薪資、工作環境本就不如民間開業獸醫師，地方政府獸醫又要執行動保業務，許多人考上了也不願報到，人員一直補不齊，在地方負責防檢疫的獸醫業務量無人分擔，壓力太大紛紛調職或離開，形成惡性循環。
獸醫系學生畢業後必須通過「專門職業及技術人員高等考試」，取得獸醫師資格，之後才能透過高考進入公職獸醫體系。
台灣的獸醫由防檢局掌管，其中公職獸醫可大致分為中央政府和地方政府職缺。中央政府包括防檢局本部，以及防檢局在重要機場、港口設置的4個分局：基隆、新竹、台中、高雄，除了負責轄區內的動物疾病監測，也在邊境查緝有無偷帶豬肉、動物、生鮮蔬果等；另有偏向研究實驗的家畜衛生試驗所，負責研發動物疫苗、實驗室診斷等。
地方政府的公職獸醫則包括縣市政府的家畜疾病防治所（也有些地方稱防疫所），以及鄉鎮公所獸醫。鄉鎮公所獸醫業務主要是施打狂犬病疫苗、調查境內家畜、家禽隻數等等，偏向行政作業。但曾待過公所的獸醫師莊信雄表示，公所獸醫也經常需要支援一般庶務，例如耕地調查、估算災損等。
縣市政府的防治所獸醫，業務可大致分為動保和防疫，動保主要工作為捕捉流浪貓狗絕育，防疫則是阻絕動物疾病，例如民眾耳熟能詳的非洲豬瘟、禽流感、口蹄疫等等，就是由地方防治所獸醫負責監測血清、撲殺確診場。
「我常開玩笑說，到我們這是來消業障的，」嘉義縣家畜疾病防治所所長林珮如無奈地說，獸醫師需有專業證照，新進的地方公職獸醫卻只有5職等，薪水僅3、4萬元，但在藥廠或是動物醫院工作，薪資是2倍。
少數願意留在地方當公職獸醫的新鮮人，也因無法發揮專業而離開。「很多考上公職的年輕人打電話來問我們業務內容，一聽到要做動保，馬上嚇得不敢來，」林珮如說。
家畜疾病防治所，顧名思義本業是預防和治療動物疾病，尤其是和人關係密切的家禽、家畜及水產動物，許多人畜共通傳染病如禽流感，就是從野鳥傳入家禽，再透過活禽交易、批發市場不斷傳播病毒，最終跳到人類身上。地方防治所宛如台灣防疫的末梢神經，首要任務卻是動保。
張家維在嘉義大學讀了5年獸醫，卻沒有一堂課教怎麼用麻醉槍，如何在街頭翻牆捉流浪狗，也沒有人告訴他，民眾打電話用三字經罵為什麼不捉狗時，該怎麼應對。
他坦言，自己是因為成績關係，分發到嘉義防治所，現在的工作內容的確和之前所學有落差，但想說試試看、多磨練；他的同學新分發到別的縣市，也是先分配到動保業務。
同樣是獸醫出身的林珮如說，由於動保業務深受民眾「關心」，所上有一大半資源需花費在動保，全所20個獸醫，扣掉行政業務繁重的主管，剩16個獸醫分配給4個課，所上除了有家畜防疫課、家禽防疫課、檢診公衛課，動保也自成一個課，動保獸醫不僅要到街頭抓流浪狗TNR、收容流浪犬貓，還得接電話，聽民眾抱怨鄰居家的狗太吵、防治所捉狗不力等等，業務和防治動物疾病脫節，使得新進獸醫心力交瘁，許多考上公職獸醫的年輕人，紛紛將地方政府列為最後的分發選項。
1998年台灣通過《動物保護法》，地方動保人力卻沒增加，也沒有設立專責單位，業務落到防疫機關頭上，大幅影響正常的防疫工作。
由於負責動保的獸醫流動大，地方政府只要有新報到的公職獸醫，大多優先分發到動保，人力補滿後，才輪到其他單位。
禽流感是近年來全世界傳播最廣泛的人畜共通傳染病之一，其中基因型H5N1和H7N9都有禽傳人的案例，沒人能保證病毒何時突變成具有人傳人能力，因此第一線的監測和流行病學調查至關重要。
地方政府不是不知道禽流感嚴重性，卻有心無力。嘉義防治所家禽防疫課課長邱淑雍拿出防檢局最近發的「禽流感流行病學訪視紀錄表」，洋洋灑灑問題破百，足足有7頁A4，包括禽舍周遭環境、和隔壁雞舍距離多遠、飼料桶擺放的位置等等。防檢局希望地方防治所訪視禽農，歸納出風險點，但邱淑雍坦言，現在根本沒有足夠的時間和人力去做這件事。
她表示，由於動保獸醫職缺優先，家禽課獸醫始終補不滿，許多人訓練完半年好不容易上手，又被調到其他單位，得花時間重新訓練，又要時常面對動輒上萬隻雞的禽流感撲殺業務，連假日都忙得人仰馬翻。她的願望很卑微卻實際：「希望動保課的獸醫能待久一點，這樣我們才有機會補到人。」
台灣大學獸醫學院院長周晉澄觀察，台灣的公職獸醫名額足夠，「但用到動保去了，」獸醫也可以做動保業務，但不該變成主要工作，動物需要醫療協助時獸醫才要出馬。林珮如也認為，動保業務可以由防治所負責，但必須成立專責的組織，給予足夠的經費和人力，讓獸醫回歸到防疫本職。
徐榮彬對此也相當無奈，他說，防檢局已多次建議地方政府成立專責的動保機關，但農業縣市中目前僅屏東縣採納。但這很難怪地方政府，「因為他們也沒人力，」歸根究柢還是要增加基層動保員額。
防疫獸醫人力吃緊，也連帶影響和人醫的合作。隨著人畜共通傳染病不斷出現，「保育醫學」概念在國際興起，核心精神是「一體健康」（One World One Health），人類與動物、環境的健康是一體的，防疫也是一體的。由此可知，獸醫和人醫的整合，是防治人畜共通傳染病的必要之路，但台灣卻才剛起步。
根據國際通用的「全球衛生安全綱領」 （Global Health Security Agenda，GHSA），疾管署在2016年評估，台灣人類及禽畜農牧業流行病學及田野調查的專業人才量能仍有不足，未來5年目標要培養118名田野流行病學家，及至少12名受過訓練的獸醫師，投入人畜共通傳染病領域。
台灣目前只有人醫有專責的「防疫醫師」，獸醫則無，徐榮彬解釋，獸醫在學校所學專業就是防疫和診斷，和人醫制度比較，開動物醫院、幫經濟動物看病，可視為獸醫的「臨床」，而公職獸醫理論上工作都是防疫，所以不像人醫還要特別認證「防疫醫師」。
不過他也坦承，以往獸醫較不重視流行病學研究，其實流行病學可讓監測疾病事半功倍，例如知道要採多少檢體才有效、採哪些點。
2017年起，疾管署和防檢局合作進行「人畜共通傳染病流行病學訓練」，開設培訓課程。防檢局也在2018年制定「動物流行病學防疫獸醫師訓練登錄辦法」，領有獸醫證照者，上過60個小時的流行病學訓練課程，完成實際參與流行病學的疫情調查報告一份，及流行病學分析案例口頭報告證明一份，即可登錄為動物流行病學防疫獸醫師。在2019年的問卷調查中，24名學員有高達95.8%認為中央須設立專職疫調獸醫。
然而截至目前，登錄的獸醫仍掛零。疾管署曾調查，參與訓練的學員，只有21.4%知道此登錄辦法，建議防檢局多宣導。徐榮彬表示，2017至2019年，已有19人完成60個小時的訓練時數，只缺後續的疫調和分析報告，今年會輔導取得並登錄。
然而根本的問題是，即便受過流行病學訓練，這些動物流行病學防疫獸醫回到自己崗位時，仍被其他業務壓垮，難以發揮所學。
徐榮彬表示，平常公職獸醫的工作就是防疫，因此目前並沒有打算成立專責的防疫獸醫，「我們是採任務編組，」曾任農委會家畜衛生試驗所所長、現任動植物防疫檢疫局局長的杜文珍無奈苦笑道，台灣的公職獸醫可以招得滿就很好了，很難要求再針對特定領域去細分。
周晉澄認為，流行病學調查很難由民間執行，「政府應該要去做，」目前投入的資源的確不足，應適當增加野生動物監測數量，負起公衛調查角色。
一名曾參與過人畜共通疾病防治的獸醫學者認為，台灣缺乏不同領域橫向的交流，美國重視保育醫學，針對人畜共通疾病，美國疾管署有一個專門的單位負責，納入公衛醫師、獸醫、生態學家、流行病學家。面對人畜共通疾病，台灣需要國家級專業策略，整合各部門。
屏科大野生動物保育研究所助理教授陳貞志，是台灣少數投入野生動物疾病調查的獸醫，在加拿大拿到獸醫流行病學博士學位，東部鼬獾的狂犬病監測就是由他負責。
他認為，防檢局現在雖有野生動物監測計畫，但只是把屍體或樣本送到實驗室檢驗分析，沒有後續的調查，「和疾病防疫實在差太遠。」應該要仿照人醫，到現場調查疾病一開始在哪裡發生、傳給誰、中間經過多少時間、族群有多大、有無其他案例等等，才有辦法知道整個疾病的傳播過程，進而有效控制，「你要了解疾病的個性、處事風格，只知道疾病的名字，沒辦法控制它。」
今年陳貞志每兩週就跑一次高雄美濃，因為當地發生10多隻山羌在溪邊神祕死亡案例，有人說是被毒死，也有人懷疑水源遭汙染，但他和助理勘查發現，山羌腐爛程度不一，若被毒死，應是同時間死亡，因此推動死亡案例一波一波出現，可能是傳染病。
陳貞志解釋，這個病會讓動物拉肚子、發高燒，導致脫水、口渴，因此山羌跑到溪邊喝水，因太虛弱了死在溪邊。目前屏科大研究團隊已經架了自動相機，監測當地山羌族群數量，持續比對病毒特性和病灶解剖結果，同時調查附近的家畜有沒有同樣病毒。
這種宛如影集《CSI犯罪現場》的調查，奠基在長期的田野研究和經費挹注。陳貞志十分感慨，台灣長期忽視野生動物疾病研究，學生就算有興趣，畢業後工作機會也不多；獸醫訓練也著重在實驗室分析，缺乏野外經驗，沒有野生動物族群觀念。
曾參與蝙蝠監測計畫的研究人員表示，台灣確實做了野生動物研究，但經常散在各項計畫裡，資料沒有整合，數據也找不到，而且通常是一年一年的計畫，不像國外是擬定政策方向，用長期、固定的大型計畫推動，「台灣是長官重視就持續有計畫，不重視就沒有。」
從禽流感、SARS到武漢肺炎，大自然不斷向人類展示了疾病沒有人獸界線，了解周遭的動物，才能獲得下一場疫病的線索與解答。
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